Ellen Wegner (geb. in Burgwedel bei Hannover) begann - nach intensiver Ausbildung am Klavier und auf der Klarinette - im Jahr 1981 mit dem Studium der Harfe bei Prof. Ruth Konhäuser an der Hochschule für Musik und Theater Hannover. Nach der Künstlerischen Reifeprüfung vervollständigte sie ihre Ausbildung in Lausanne und Genf bei Chantal Mathieu und Catherine Eisenhoffer.

Ellen Wegner ist freiberuflich als Harfenistin tätig, sie wirkt in verschiedenen Orchestern mit
(u. a. in der Radiophilharmonie Hannover des NDR, in der Deutschen Kammerphilharmonie Bremen, im Ensemble Modern Orchestra) und ist freie Mitarbeiterin des Ensemble Modern Frankfurt (seit 1989) und des Ensemble Avantgarde Leipzig (seit 1992). Außerdem arbeitet sie seit vielen Jahren mit verschiedenen Chören zusammen (u. a. Norddeutscher Figuralchor und Mädchenchor Hannover) und gestaltet mit dem Sprechkünstler Dieter Grell Erzählkonzerte (seit 1988).
Sie spielte unter der Leitung von John Adams, Pierre Boulez, George Benjamin, Peter Eötvös, Daniel Harding, Thomas Hengelbrock, Heinz Holliger, Bernhard Klee, Ingo Metzmacher, Eiji Oue, Heinrich Schiff, Gunther Schuller, David Shallon, Frank Zappa, Hans Zender u. v. a.

Ihre rege Konzerttätigkeit führt die Harfenistin in viele Musikzentren Europas (Amsterdam, Avignon, Barcelona, Basel, Berlin, Bologna, Brüssel, Darmstadt, Donaueschingen, Edinburgh, Florenz, Frankfurt, Kopenhagen, Lissa bon, London, Lyon, Madrid, München, Paris, Rom, Salzburg, Sevilla, Stockholm, Turin, Venedig, Wien u. v. a.), in die USA (Ann Arbor, Chicago, New York, Washington) und nach Japan.
Zahlreiche Ur- und Erstaufführungen (Werke von Louis Andriessen, Hans Werner Henze, Toshio Hosokawa, Benedict Mason, Hans Otte, Younghi Pagh-Paan, Wolfgang Rihm, Steffen Schleiermacher, Frank Zappa u. a.) belegen das Engagement der Musikerin für die Musik des 20. Jhdts. Im Duo FLÖTE-HARFE mit ihrem Bruder Hans-Jörg Wegner, im Ensemble CON VOCE (Sopran-Flöte-Harfe), im TRIO INTERLUDE (Flöte-Violine-Harfe), im INTERMEZZO ARMONICO (2 Flöten-Harfe) pflegt sie das Gebiet der Kammermusik und führt in diesen Ensembles neben dem Standardrepertoire viele selten gespielte Werke auf.

Es entstanden Rundfunk- und Fernsehaufnahmen bei in- und ausländischen Sendern (BBC, DLF, DRS 2, HR, NDR, NHK FM Tokyo, Radio Bremen, RAI, RIAS, SFB, SWF, ARD, Premiere, ORF, ZDF u. a.) sowie CD-Veröffentlichungen bei verschiedenen Labels mit zahlreichen Ersteinspielungen.

Darüberhinaus wird der Erfolg ihrer pädagogischen Tätigkeit dokumentiert durch etliche Preisträger aus ihrem Schülerkreis, die seit 1993 Preise auf Bundes- sowie Regional- und Landesebene bei den Wettbewerben "Jugend musiziert" in den Solowertungen für Harfe und beim Solowettbewerb der Vereinigung Deutscher Harfenisten e. V. erhielten.