Marcus Honegger erhielt ersten Violinunterricht im Alter von sieben Jahren am Konservatorium seiner Geburtsstadt Heidelberg, später bei W. Planck in Hannover und ab 1977 bei Prof. Atila Aydintan an der Hochschule für Musik und Theater Hannover. Hier legte er nach dem Studium der Ausbildungs- und der Solistenklassen 1985 die Künstlerische Reifeprüfung und 1990 das Konzertexamen ab.

Kurse und Kammermusikstudien bei Karl Bergemann, Hatto Beyerle, Karl Engel, Barbara Koerppen, Jürgen Kußmaul, Rudolf Metzmacher, Vesselin Parachkevov, Ulf Rodenhäuser, Klaus Storck vervollkommneten seine Ausbildung.

Marcus Honegger konzertiert als Solist (Violinkonzerte von Bach, Berg, Bruch, Hartmann, Mozart, Schostakowitsch, Stenhammar, Veracini, Vivaldi u. a.) und als Primarius des Flensburger Streichquartetts (Funk- und Fernsehaufnahmen; neben dem klassischen Repertoire zahlreiche Uraufführungen), im Duo mit Pianisten und Cembalisten und in verschiedenen weiteren Kammermusikensembles.

Seit 1989 ist Marcus Honegger 1. Konzertmeister des Schleswig-Holsteinischen Sinfonieorchesters.

Marcus Honegger gehört dem TRIO INTERLUDE seit seiner Gründung an.